在很多人看來，眼藥水開瓶後，只要沒過保質期，沒出現沉澱，就還能用。專家介紹眼藥水包裝上的保質期通常指未開瓶使用的情況，一般為1～3年。一旦開封使用，4周後若未用完，就應立即丟棄。
眼藥水開封後，相當於保存環境發生了改變，藥效會逐漸減弱。在使用和保存過程中，藥液還可能被空氣中的微生物污染，帶來安全隱患。如果使用方法不當，滴眼藥水時滴頭接觸到了角膜，引起眼部感染的風險會更大。
為了盡可能延長壽命，市面上絕大多數眼藥水添加了抑菌劑(防腐劑)。正常劑量的抑菌劑本身不會對眼部帶來影響，因此都處於較為安全的濃度，因為防腐劑含量低故而眼藥水壽命的延長作用有限。國內目前通常建議，眼藥水開封後4周內使用較為安全。目前也有推廣一次性眼藥水來解決此矛盾的，但價格較高而且也不是絕對的安全，單劑量一日內重復使用時可能使用不當會造成藥液污染。
因為小支裝沒有瓶蓋，開封後直接暴露在空氣中，必須幾個小時內滴完。用這種眼藥水時要注意保持清潔，別讓瓶口受到污染。如果周邊的衛生條件差，空氣粉塵多，不建議用這類產品。
眼藥水一般放在室溫下即可，特別提示需要冷藏的，應根據說明書處理。滴眼藥水前要先洗手，以免引發感染。眼藥水應滴在下眼皮和眼球之間的結膜囊內，瓶口不宜接觸眼睛，每次一到兩滴即可。滴完眼藥水後閉眼，按壓下眼角1~2分鐘，能預防藥液進入鼻腔和口腔，出現口苦和其他全身症狀.