沙眼發病率高，為了從根本上控制沙眼的傳播，必須采取以預防為主、防治結合的方針。大力開展衛生宣傳教育，把本病的危害性，傳染途徑，診斷與治療方法，向群眾宣傳，進行群眾性的普遍防治，對與傳染性沙眼的多發區尤應預防教育，防止漫延，加強公共衛生管理，搞好個人及家庭衛生，避免接觸傳染，對服務性行業如旅館，浴室，理發，美發等的面巾、浴巾用後應嚴格消毒，在部隊、工廠、學校、托兒所等集體生活單位，應采取有效措施，注意用水清潔，保障水源供應，防止沙眼傳播，養成良好的衛生習慣，注意經常洗手，不用別人的手巾，不用手揉眼，常剪指甲，家庭中洗臉水及毛巾等也不宜合用。
一旦發現沙眼應及時治療，治療方法可選局部用藥，常用眼藥水有0.05%～0.1%利福平、10%～30%磺胺醋酰鈉、0.1%酞丁安，每日3～4次，晚上用眼膏1次，如0.5%四環素眼膏、0.5%金霉素眼膏等。
也可全身用藥，一般用藥時間長和藥量過大，易發生副作用，故很少使用。如口服螺旋霉素、強力霉素、四環素等。孕婦及7歲以下兒童禁用四環素。有時也可采用手術療法，重度沙眼濾泡較多者，可用海螵蛸棒磨擦法及壓搾法治療。操作時應注意消毒，磨擦手法不可過重，切不可損傷角膜，病變嚴重而廣泛時，可分期分階段進行磨擦，此法只起輔助作用，仍要配合藥物治療。
嚴重的沙眼並發症，如沙眼性上睑下垂，睑內翻倒睫、睑球粘連等，可以采取手術矯正，角膜血管翳嚴重者可考慮施行角膜緣血管電烙術。中醫治療本病，當內外兼施。輕症可以局部點藥為主，重症則除點眼藥外，宜配合內治，以疏風清熱，活血通絡為基本治法。對其並發症與後遺症，輕者可在治療本病時兼顧，重者則須根據病情另行處理。