專家提醒，沙眼是一種較為頑固的疾病，用藥時間較長，一定要注意堅持，切不可在症狀減輕的情況下隨意停藥，這樣不僅不會使治療過程縮短，相反會進一步增加治療難度，使自己得不償失。
沙眼衣原體對大多數抗生素不敏感，目前治療上尚無特效藥。臨床上常用磺胺類、利福平、紅霉素等抗生素抑制炎症反應。
輕度沙眼治療時可在醫生的指導下選用：利福平或金霉素或四環素眼藥水，效果較好。也可選用磺胺醋酰鈉眼藥水，肽丁胺眼藥水進行治療。晚上休息時，可在患處塗抹金霉素、四環素、土霉素眼藥膏。
對於重症沙眼，治療時除了選用以上所提到的局部滴入或塗抹眼藥水或眼藥膏之外，同時要注意在醫生的指導下口服阿奇霉素、四環素等抗生素類藥物。