滴眼藥水前必須仔細核對藥物的名稱和濃度，以免拿錯藥造成不良後果。同時應仔細檢查藥水質量，因為眼藥水大都為澄清溶液，如果藥水已經產生混濁、變色等現象，均不能使用。
滴眼藥水時家長應先把寶寶的頭仰起來，用左手的拇指和食指輕輕分開寶寶的上下眼皮，或只用拇指輕輕向下牽引下眼皮，使眼皮和眼球之間形成一個小囊，同時右手持眼藥水瓶，藥瓶口應距離眼睛2～3厘米處，過近不僅容易觸及眼睑和睫毛，造成瓶口和藥液的污染，有時不小心還會傷及角膜。藥水應該滴入該小囊內，而不要直接滴在角膜上，因為角膜感覺神經十分豐富，易突然閉眼擠出藥液，影響治療。
滴眼藥水後把眼皮輕輕松開，用消毒棉球拭干溢出的藥水，讓寶寶將眼球稍稍轉動，閉眼3～5分鐘，使藥液均勻分布於疾病處，充分發揮藥效。藥物滴眼後應閉眼，這樣可使局部藥物有效時間延長5倍。因此，滴眼藥水後閉眼休息極為重要。
滴眼藥水的次數一般眼藥水可每日滴3～4次，每次滴1～2滴。若同時使用兩種眼藥水，應在滴完一種後，閉眼休息15分鐘，再滴另外一種，以充分發揮藥效，增加滴眼次數比增加藥液濃度更為有效。
滴眼藥水後，如果眼部皮膚感到癢，甚至紅腫，說明已產生了過敏反應，除應立即停藥外，還可服用撲爾敏等抗過敏藥物進行治療。