其實，局部用的眼藥也同樣可以被身體吸收而可能產生一定的毒性，加上青光眼患者常常長期用藥，其副作用不容忽視。下面，我介紹目前常用的幾類降眼壓藥的副作用。
使用縮瞳藥毛果芸香鹼後，病人看東西時常有看遠不清看近清、在暗處不清在亮處清的感覺，還可能出現不同程度的眼眶周圍痛、頭疼等不適；長期不間斷的使用還可能引起瞳孔的永久性縮小；短期大量使用甚至會引起出汗、流淚、惡心、嘔吐、心率慢、低血壓等中毒症狀並可能危及生命。一些特殊的病人如高度近視、以前患過視網膜脫離者，有可能在使用中出現視網膜裂孔、視網膜脫離等眼底的異常。
使用噻嗎心安、美開朗、貝他根這類眼藥可能引起心率減慢並誘發哮喘，少數患者還可能出現困倦乏力、抑郁、焦慮等。
使用阿發根滴眼液有可能產生眼紅、眼癢、眼睑皮膚瘙癢等過敏反應，少數患者還可能出現輕度的血壓下降、疲勞、乏力、口鼻發干等。
適利達、蘇為坦、盧美根這類降眼壓藥的副作用主要是局部眼紅、眼磨、眼癢、睫毛變黑變長變粗、黑眼圈及黑眼球顏色加深等，少數患者還會出現眼干、眼痛、眼腫等不適。以往做過白內障手術或得過葡萄膜炎的患者還有可能出現眼內的炎症反應及眼底黃斑部病變。
滴用派立明有可能引起眼部的燒灼感、刺痛感和一過性視物不清，部分患者會感到口苦、口內金屬味，也有些患者出現胃腸道不適、頭痛、惡心、疲勞、皮膚瘙癢起疹子等。
對於兒童患者，使用的眼藥應酌情降低濃度及減少次數。阿發根和毛果芸香鹼盡量不用或少用，前者有可能引起孩子嗜睡甚至危及生命，後者可能對眼球的發育有一定影響。
除了上述不同藥物的不同副作用外，長期用眼藥的患者都會或輕或重的存在一定程度的眼干、眼磨等干眼症的表現，需要經常補充人工淚液以滋潤眼睛；有時會出現眼癢、眼紅等過敏症狀，需停藥或換藥。
鑒於青光眼藥物的這些副作用，您在使用時應注意以下幾點：在用藥前，盡量比較詳細地把您既往和現在患有的疾病告訴大夫，以便選擇恰當的治療方案；要遵照醫囑用藥，不要隨意增加或減少用藥次數，前者可能增加藥物的副作用，後者有可能導致療效不足；滴眼藥後要壓迫內眦鼻根部2~5分鐘，並閉眼5~10分鐘，這樣可以增加藥物的作用，同時減少全身吸收從而減少其副作用；您需要定期復查，在用藥過程中如果出現一些不適，及時與大夫溝通，必要時更換藥物，甚至改用其他治療辦法。