誤區一：眼部不適就使用眼藥水長期近距離工作或使用電腦的人，在工作一定時間後出現視疲勞或慢性結膜炎症狀，即用抗生素眼藥水治療，這是治療上一個誤區。因為長期不合理的用眼往往是產生上述不適感覺的根源，而並非是細菌、病毒等感染所致。只有科學合理地使用眼睛、日常注意用眼衛生才是最根本的防治方法，此時可適當滴用一些抗視疲勞的眼藥水來緩解症狀。
誤區二：眼藥水能長期頻繁使用近年來，干眼症的發病率升高，除與空氣的污染、制冷空調的使用有關外，長期頻繁滴用眼藥水也是其發病重要原因之一。目前，無論處方性眼藥還是非處方性眼藥，只有一兩種不含防腐劑成分，防腐劑對眼結膜杯狀細胞具有損傷作用，長期使用可能會誘導干眼症的發生。
誤區三：使用眼藥水絕對安全點用一兩滴眼藥水完全安全無害的想法是根本錯誤的，長期點用眼藥水除了會引起上述提到的干眼症外，還可導致激素性青光眼、非致病菌性角膜炎、結膜炎等，甚至因藥液中某些成分導致過敏反應而危及生命。如因某種眼病使用眼藥時，一定要在眼科醫生的指導下使用。
誤區四：隨意選用眼藥水不少人總認為用眼藥比較簡單，到藥店自己選上一兩種就可以。事實上眼病和眼藥的種類很多，如紅眼可以是結膜炎，也可以是角膜炎、角膜潰瘍、結膜下出血、急性虹膜睫狀體炎，或是急性青光眼。在治療上要根據不同的症狀和發病原因，來選擇合適的藥物。當眼睛出現不適時，應在醫師指導下用藥，切忌自行用藥，以免釀成嚴重的後果。
誤區五：每次多點幾滴眼藥能增加療效，可以同時使用多種眼藥水由於人的結膜囊的容積要明顯少於一滴眼藥水的體積，因此，一次點用一滴藥水即可達到治療目的，多點並不會增加治療效果，反而浪費。滴用兩種眼藥水的間隔時間應至少在5分鐘以上，不宜同時點用。
誤區六：隨意存放眼藥水眼藥水點過幾次後眼病好了，就將眼藥隨手放在某處。幾個月過後，眼部又感不適，找出眼藥水後隨手就使用。其實這樣做是不對的。任何藥物都有有效期，眼藥的有效期在使用第一次後就縮短為一個月。另外，眼藥不能隨意存放。將眼藥水放在衣服口袋裡、長期放在光照強烈的桌上都是不對的。眼藥水應密閉放在陰涼處保存，有條件者可置4℃冰箱保存，並應留意眼藥水的保質時間。