治療眼科疾病時，針對不同的病因和症狀，不少人都需要用兩種以上的眼藥水。但由於眼藥水成分各不相同，可能會發生相互作用，輕則影響療效，重則發生副作用。
使用眼藥水應遵循3個原則：
每天46次：有人認為眼藥水量小，短時間多滴幾次效果會更好，但事實上，只要按照醫生的要求點藥就能達到效果，例如抗生素眼藥水，一般每天滴46次就可達到治療效果。過多使用不但對治療沒有幫助，有時甚至會產生不良反應，如阿托品或噻嗎心安眼藥水等，如果短時間內大量使用，可能會產生明顯的心血管系統反應，甚至危及生命。對於一些特殊的藥物，如激素類、降眼壓的藥物等，還需聽從醫生的囑咐，嚴格按照要求的次數和時間來點藥，不能擅自更改。
每次點1滴：每次多滴幾滴，是不是好得更快呢？實際上，結膜囊最多只能容納20微升的藥液。一般來說，1滴眼藥水的體積約3040微升，因此每次點1滴就足夠了。而且，藥水過量還會增加防腐劑對角膜和結膜的刺激，引起淚液分泌增加，反而降低藥物濃度。
滴不同的眼藥水要間隔15分鐘：各種滴眼液所含的成分可能會不同，如果多種藥物同時滴入眼內，一旦各成分相互排斥或拮抗，會降低藥效甚至引起不良反應。
研究發現，滴眼藥水後2分鐘，眼球表面的藥物濃度會下降50%，5分鐘後下降至20%，15分鐘後濃度僅為最初的0。1%，也就是說，點眼藥水後15分鐘，藥物成分基本被吸收完全，此時再滴另一種眼藥水，才能使前後兩種眼藥水都被充分吸收，而且不會相互干擾。無論抗生素、抗病毒藥，還是治療白內障的眼藥水，都需要按此方法滴用。
選購眼藥水要有針對性
最好對自己的眼病有個比較准確的把握，選藥才有針對性可言。比如，是病毒感染，選用抗生素眼藥水是肯定無效的，只有選用抗病毒眼藥水才有效果。因此，不能肯定自己是什麼眼病的情況下，最好先求治眼科醫生，作出診斷後再去選藥。
抗生素眼藥水不能亂滴
購買口服抗生素已經有所限制(憑醫生處方)，但一些抗生素眼藥水沒被限制，還可以隨意購買，而長期滴用抗生素眼藥水有時會引起慢性結膜炎。另外，長期點用一種抗生素眼藥水可以導致耐藥，使該藥物失去抗菌作用。因此，抗生素眼藥水使用一般不超過兩周，或者是在炎症完全控制後3天必須停藥。抗生素眼藥水使用3天以上不見效，要換藥或找醫生咨詢。眼睛的慢性炎症不需長期滴用抗生素眼藥水，具體治療方案應請醫生幫忙制訂。
用散瞳類眼藥水要小心
散瞳類眼藥水常被用於治療近視眼，但是，一般應在晚上睡前滴眼睛，如果白天滴眼睛就會看不清。如阿托品眼藥水、後馬托品眼藥水、托品酰胺眼藥水、雙星明眼藥水等，尤其是前兩者，是中長效的，更要注意。阿托品眼藥水是強效長效，最危險！該類眼藥水有放大瞳孔作用，嚴禁用於青光眼，否則有失明的危險，即使是正常眼，也會因放大了瞳孔而出現怕光、頭昏、看遠的東西不清楚等藥物性近視表現。
選用縮瞳類眼藥水也要小心
如毛果芸香鹼眼藥水，其作用與散瞳類眼藥水相反，作用是縮小瞳孔，需要放大瞳孔的眼病嚴禁使用，比如青光眼術後、惡性青光眼、虹膜睫狀體炎等。否則可造成嚴重後果。