許多先天疾病能使小孩得青光眼。這些先天疾病有的遺傳，有的不遺傳，但都會在出生時或不久後就表現出來。盡管眼睛的其他部分最初包括在這些病中，但它們最終會引起青光眼，因為它們會損傷眼睛的引流子流。
這些情況比原發性嬰幼兒型青光眼少得多。由於常常有眼睛某些部分的發育不全，所以難治。如果出現青光眼，則其治療方案和原發性嬰幼兒型青光眼相同。
家族性虹膜發育不全
這種病可遺傳，以眼睛虹膜結構發育不全為特征發育不全的虹膜阻住小梁網狀結構，發生青光眼。盡管出生時就存在缺陷，但青光眼可在出生時或以後任何時候甚至成年後發生。但是顯然患這種病的人沒有人能長期逃脫青光眼。這樣的青光眼患兒手術效果好。如果成年後才發病，激光或手術治療可控制眼壓。
無虹膜症
無虹膜症意味著虹膜缺失。這種情況很罕見，胎兒第二十周時雙眼發育受到影響，虹膜只留下一小段殘根。殘根前移，粘在房角壁上。妨礙小梁網狀結構，出現青光眼。角膜也可能受影響。如果它變混濁，還會發生白內障，大多數患者視力可到20/200，法律上認為屬於失明，但仍有少數人視力可正常。有一類無虹膜症被認為是由於11號和13號染色體部分缺失而遺傳的，這種情況與智力發育遲緩有關。
無虹膜症引起的青光眼難以治療，因為如果治療無虹膜症引起的青光眼難以治療，因為如果治療不能控制住眼壓，再進一步采取手術治療會很危險。無虹膜的眼睛極脆弱，手術會造成更多的外傷。同樣，白內障摘除術和角膜移植也很危險。
患這種病的人通常會完全失明，但這種病很少見，10萬至100萬兒童中才有1個因此失明。