次數：藥水比藥膏多
眼藥水滴後感覺較為舒服，但眼藥水存留在眼內時間短，需定時多次使用。一般眼藥水，常規使用是每天3次，分早、中、晚滴用。眼藥膏則在眼內停留時間較長，藥效作用持久，相比眼藥水應減少使用次數，常規是睡覺前用1次。
時間：一早一晚
眼藥水沒有油膩感，不影響視覺；而眼藥膏黏性強，容易導致視覺模糊。因此，一般是白天用眼藥水，晚上用眼藥膏。輕度眼病只需使用眼藥水；重度眼病可同時使用眼藥膏和眼藥水。如果兩種眼藥同時使用，每種眼藥之間需相隔5～10分鐘。因為兩者使用時間相隔太近，不但會影響藥效還可能產生副作用。
劑量：滴一滴抹一層
眼藥水一般是一次1滴，因為結膜囊最多容納30微升液體，而一滴眼藥水平均約為39微升，不要過量使用。眼藥膏的使用則是從內眼角塗到外眼角，然後輕輕閉眼，這樣眼內就被覆上了薄薄一層藥膏。
治療：主治配輔治
某些眼病患者，如輕度結膜炎、干眼症、視力疲勞等適宜用眼藥水治療。眼藥膏可作為輔助治療，因為內含油性基質，可以起到保護淚膜的作用，減緩淚液蒸發。
另外，急性細菌性結膜炎、角膜潰瘍、急性虹膜炎患者，應頻繁使用眼藥水，必要時白天需配合使用眼藥膏，以增強藥效，強化治療效果。總之，應在醫生指導下，正確使用不同的眼藥膏或眼藥水，才能發揮藥物最佳治療效果。